70′li yıllarda, ilkel dünya atmosferinin içerdiği gazların amino asit sentezini imkansız kıldığının anlaşılması, kimyasal evrim teorisi için büyük bir darbe oldu. Miller, Fox, Ponnamperuma gibi evrimcilerin yıllar boyu yürüttüğü “ilkel atmosfer deneyleri”nin tümünün geçersiz olduğu anlaşıldı. Bu nedenle 80′li yıllarda başka evrimci arayışlar gelişti. Bunun sonucunda, ilk önce proteinlerin değil, proteinlerin bilgisini taşıyan RNA molekülünün oluştuğunu öne süren “RNA Dünyası” senaryosu ortaya atıldı.

1986 yılında Harvard’lı kimyacı Walter Gilbert tarafından ortaya atılan bu senaryoya göre, bundan milyarlarca yıl önce, her nasılsa kendi kendisini kopyalayabilen bir RNA molekülü tesadüfen kendiliğinden oluşmuştu. Sonra bu RNA molekülü çevre şartlarının etkisiyle birdenbire proteinler üretmeye başlamıştı. Daha sonra bilgileri ikinci bir molekülde saklamak ihtiyacı doğmuş ve her nasılsa DNA molekülü ortaya çıkmıştı.

Her aşaması ayrı bir imkansızlıklar zinciri olan bu hayal etmesi bile güç senaryo, hayatın başlangıcına açıklama getirmek yerine, sorunu daha da büyütmüş, pek çok içinden çıkılmaz soruyu gündeme getirmiştir:

1- Daha, RNA’yı oluşturan nükleotidlerin tek bir tanesinin bile oluşması kesinlikle rastlantılarla açıklanamazken, acaba hayali nükleotidler nasıl uygun bir dizilimde bir araya gelerek RNA’yı oluşturmuşlardı? Evrimci biyolog John Horgan RNA’nın tesadüfen oluşmasının imkansızlığını şöyle kabullenir:

Araştırmacılar RNA dünyası kavramını detaylı biçimde inceledikçe giderek daha fazla sorun ortaya çıkıyor. RNA ilk olarak nasıl oluştu? RNA ve onun parçalarının laboratuvarda en iyi şartlarda sentezlenmesi bile son derece zor iken, bunun prebiyotik (yaşam öncesi) ortamda gerçekleşmesi nasıl olmuştur? (John Horgan, “In the Beginning”, Scientific American, cilt 264, Şubat 1991, s. 119)

2- Tesadüfen oluştuğunu farz etsek bile, yalnızca bir nükleotid zincirinden ibaret olan bu RNA hangi bilinçle kendisini kopyalamaya karar vermiş ve ne tür bir mekanizmayla bu kopyalamayı başarmıştı? Kendisini kopyalarken kullanacağı nükleotidleri nereden bulmuştu? Evrimci mikrobiyologlar Gerald Joyce ve Leslie Orgel, durumun ümitsizliğini şöyle dile getirmekteler:

Tartışma, içinden çıkılmaz bir noktada odaklaşıyor: Karmakarışık bir polinükleotid çorbasından çıkıp, birdenbire kendini kopyalayabilen o hayali RNA’nın efsanesi… Bu kavram, yalnızca bugünkü prebiotik kimya anlayışımıza göre gerçek dışı olmakla kalmamakta, aynı zamanda RNA’nın kendini kopyalayabilen bir molekül olduğu şeklindeki aşırı iyimser düşünceyi de yıkmaktadır. (G.F. Joyce, L. E. Orgel, “Prospects for Understanding the Origin of the RNA World”, In the RNA World, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993, s. 13)

3- Kaldı ki eğer ilkel dünyada kendini kopyalayan bir RNA oluştuğunu ve ortamda RNA’nın kullanacağı her çeşit amino asitten sayısız miktarlarda bulunduğunu farz etsek ve bütün bu imkansızlıkların bir şekilde gerçekleşmiş olduğunu düşünsek bile, bu durum yine de tek bir protein molekülünün oluşabilmesi için yeterli değildir. Çünkü RNA, sadece proteinin yapısıyla ilgili bilgidir. Amino asitler ise hammaddedir. Ancak ortada proteini üretecek “mekanizma” yoktur. RNA’nın varlığını protein üretimi için yeterli saymak, bir arabanın kağıt üzerine çizilmiş tasarımını o arabayı oluşturacak binlerce parçanın üzerine atıp sonra arabanın kendi kendine montajlanıp ortaya çıkmasını beklemekle aynı derecede anlamsızdır.

Bir protein, hücre içindeki son derece karmaşık işlemler sonucunda pek çok enzimin yardımıyla ribozom adı verilen organelde üretilir. Ribozom ise yine proteinlerden oluşmuş karmaşık bir hücre organelidir. Dolayısıyla bu durum, ribozomun da aynı anda tesadüfen meydana gelmiş olması gibi olanak dışı bir varsayımı daha beraberinde getirecektir. Evrim teorisinin ünlü savunucularından Nobel ödüllü Jacques Monod bile protein sentezinin yalnızca nükleik asitlerdeki bilgiye indirgenmesinin mümkün olmadığını şu şekilde açıklamaktadır:

Şifre (DNA ya da RNA’daki bilgi), aktarılmadıkça anlamsızdır. Günümüz hücresindeki şifre aktarma mekanizması en az 50 makromoleküler parçadan oluşmaktadır ki, bunların kendileri de DNA’da kodludurlar. Şifre bu birimler olmadan aktarılamaz. Bu döngünün kapanması ne zaman ve nasıl gerçekleşti? Bunun hayali bile aşırı derecede zordur. (Jacques Monod, Chance and Necessity, New York: 1971, s.143)